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La région est caractérisée par un réseau hydrographique superficiel dense et diversifié. La nature géologique des sols, à dominante karstique sur l’ensemble Est du territoire en est un des principaux facteurs. Les cours d’eau les plus remarquables de Franche-Comté sont la Loue, le Doubs et le Doubs franco-suisse. La Franche-Comté est également riche en termes de grands lacs naturels. Situés de façon homogène sur le territoire régional, les grands lacs du Jura restent les plus emblématiques : Malbuisson, Les Rousses, Ilay, l’Abbaye …

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